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有几项是真菌都有的结构，另一小部分是特殊的真菌才有的！
真菌是真核微生物，细胞具有细胞壁、细胞膜、线粒体等细胞器和真正的细胞核，有些真菌还具有鞭毛。
一、细胞壁
真菌细胞壁的主要成分是多糖，另有少量的蛋白质和脂类。多糖构成了细胞壁中有形的微纤维与无定形基质的物质基础。
不同的真菌，其细胞壁所含的多糖种类也不同，在低等真菌中如卵菌以纤维素为主，酵母菌以葡聚糖为主，高等陆生真菌以几丁质为主。
二、鞭毛
有些真菌的孢子细胞的表面长有或长活短的毛发状细胞器，具有运动功能，较长者（150—200um）称鞭毛，一般只有1—2 根。主要功能是运动，是利用ATP水解释放的能量，做挥鞭式运动。
鞭毛由基体、过渡区和鞭杆（9+2 结构）三部分组成。整条鞭杆由细胞质膜包裹。
三、细胞质膜
在构造和功能上与原核细胞相似，主要不同是： 含固醇；不含电子传递链；无基团转移运输功能；具吞噬作用；有糖脂（细胞间识别受体）；有磷脂酰胆碱。
四、细胞核
细胞核是细胞内遗传信息的储存、复制和转录的主要场所，外形为球状或椭圆体状。由核被膜、染色质、核仁和核基质等组成。
染色质是由DNA 、组蛋白、其他蛋白（与 DNA 的复制和转录有关的酶等）、少量的 RNA 组成的一种 线形 复合构造，其基本单位是核小体。当细胞进行有丝分裂或减数分裂时，染色质丝经盘绕、折叠、浓缩后，变成在光学显微镜下可见的棒状结构，即为染色体 。
核被膜： 包在细胞核外，有两层厚度 7 — 8nm 的膜组成，两层膜之间夹着宽约 10 — 50nm 的空间，称为核周间隙。核被膜上有许多核孔， 40 — 70nm ，是细胞核与细胞质间进行物质交换的选择性通道。
核仁：富含蛋白质和RNA ，圆形或椭圆形没有膜包裹。是合成 rRNA 和装配核糖体的部位。（霉菌有丝分裂时核膜、核仁不消失，此点与其他真核生物不同）。
核基质：旧称核液，是充满与细胞核空间的、由蛋白纤维组成的网状结构，具有支撑细胞核和提供染色质附着点的功能。
五、细胞质和细胞器1 ，细胞基质
在真核细胞质中，除可分辨的细胞器以外的胶状溶液称为 细胞基质 。含有细胞骨架、蛋白质，各种内含物和中间代谢产物等，是细胞代谢的重要基地。
细胞骨架： 是由微管、肌动蛋白丝、中间丝三种蛋白纤维构成的细胞支架。微管，直径 24nm 的中空管状纤维，具有支持、运动功能，还可构成细胞分裂时的纺锤体以及鞭毛和纤毛。肌动蛋白丝，又称微丝，宽 4 — 7nm 的实心纤维，若提供 ATP 形式的能量，会发生收缩。中间丝（中间纤维），直径 8 — 10nm 的蛋白纤维，具有支持和运动功能。
2 、内质网和核糖体
内质网指细胞质中一个与细胞基质相隔离，但彼此相通的囊腔和细管系统。由脂质双分子围成。其内侧与核被膜的外膜（核膜）相通，核周间隙也是内质网腔的一部分。
内质网有两类： 在膜上附有核糖体颗粒，称为糙面内质网。 膜上不含核糖体的称光面内质网。糙面内质网，具有合成和运送胞外分泌蛋白的功能。光面内质网，主要存在于动物细胞中，与脂类和钙的代谢有关。
核糖体又称核蛋白，是存在于细胞中的无膜包裹的颗粒状细胞器，具有蛋白质合成功能。直径 25nm ，主要成分为蛋白质（约 40% ）和 RNA （约 60% ）。每个细胞含大量的核糖体。除分部在内质网和细胞基质中（ 80S ）外，还分布于线粒体和叶绿体中（ 70S ）。
3 、高尔基体
是由若干（一般 4 — 8 个）平行堆叠的扁平膜囊和大小不等的囊泡组成的膜聚合体，是合成分泌糖蛋白和脂蛋白、对某些无生物活性的蛋白质进行酶切加工的重要细胞器。也是为合成新细胞壁和质膜提供原材料的重要细胞器。
目前在真菌中仅发现少数低等真菌，如根肿菌、卵菌等存在高尔基体。
4 、溶酶体
是一种由单层膜包裹、内含多种酸性水解酶的囊泡状细胞器，一般为球形，直径约 0.2 — 0.5um 。其主要功能是进行细胞内的消化。具有维持细胞营养及防止外来微生物或异体物质侵袭的作用。细胞死亡时，溶酶体膜破裂，使细胞自溶。
5 ，微体
是单层膜包裹，与溶酶体相似的球形细胞器。所含的酶与溶酶体不同，分为过氧化物酶体（使细胞免受过氧化氢的毒害，参与脂肪酸的氧化分解）和乙醛酸酶体（使细胞中的脂类转化为糖类）。
6 ，线粒体：
外形囊状，直径 0.5 — 1.0um ，长度约 1.5 — 3um ，由内外两层膜包裹，囊内充满液态基质。外膜平整，可通过较大的分子，通透性强；内膜仅能通过小分子和不带电荷的稍大分子，向基质内伸展，形成大量由双层膜构成的嵴。嵴的形状在真菌中有两种：管状嵴，存在于卵菌纲真菌中；板状嵴，存在于壶菌、接合菌、子囊菌和担子菌中。在内膜的表面上着生许多基粒（ ATP 合成酶复合体）及脂蛋白复合物（电子传递链的组成部分）。膜间隙充满着各种可溶性酶、底物和辅助因子。基质内含有三羧酸循环的酶系，并含有一套为线粒体所特有的 DNA 链和 70S 核糖体。功能：产生生命活动所需的能量（ ATP ）。
7 ，其它细胞器
如：液泡，膜边体，几丁质酶体（又称壳体），氢化酶体等。
液泡：存在于真菌的细胞中，具有维持细胞的渗透压、贮藏营养物质（糖原、脂肪、精氨酸、鸟氨酸、谷氨酸、蛋白酶、纤维素酶、核酸酶等）的功能，而且还有溶酶体的功能。
膜边体： 为许多真菌细胞所特有，是一种位于菌丝细胞四周的质膜与细胞壁间，由单位膜包裹的细胞器。呈管状、囊状、球状、卵圆状或多层折叠膜状，其内含有泡状物或颗粒状物。功能不祥。
几丁质酶体：真菌菌丝顶端细胞中的微小囊体，直径 40 — 70 纳米，内含几丁质合成酶。功能：通过不断形成和向菌丝尖端运动，把其中的几丁质合成酶源源不断地运送到细胞壁表面，合成几丁质微纤维，使菌丝尖端不断地向前延伸。
氢化酶体：只存在厌氧真菌细胞中，有类似线粒体的作用。
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